В отличие от существовавших в те годы в разных городах так называемых антирелигиозных музеев (Ленинградский антирелигиозный музей работал с 1929 по 1932 г.), Музей истории религии создавался в рамках Академии наук как исследовательское и научно-просветительное учреждение, призванное комплексно изучать религию как сложный общественно-исторический феномен, включая рассмотрение эволюции религиозных представлений и культов, места религии в духовной культуре раз­личных эпох, психологического аспекта религиозной веры, религиоз­но-общественных движений, процессов секуляризации, религиозного искусства и т.п. На протяжении десятилетий музейные сотрудники, не только создавали экспозиции и выставки, не только хранили (часто спасая от уничтожения) многие памятники религиозной культуры, но и вели систематическую исследовательскую работу по их изучению.

    В годы Великой Отечественной войны большинство сотрудников Музея находилось на фронте, оставшиеся
поддерживали сохранность музейных коллекций, дежурили на крыше собора, тушили зажигательные бомбы. Музейная экспозиция была свернута, однако сохранялся доступ к могиле М.И. Кутузова. В годы блокады сотрудниками музея было создано несколько выставок, посвященных военно-историческому прошлому нашего народа. В 1942 г. на колоннаде Казанского собора была развернута выставка, посвященная российским военно-патриотическим традициям.

  Много энергии и сил в укрепление позиций Музея вложил его тогдашний директор выдающийся знаток истории религиозных движений и общественный деятель В.Д.Бонч-Бруевич (1843–1955), постоянно живший в Москве и руководивший Музеем оттуда. В 1944 году заместителем директора по научной работе стал М.М. Шахнович (1911–1992) – известный историк религии и свободомыслия, обладавший глубокой эрудицией, обширным опытом и замечательными организаторскими способностями, под его началом и при его непосредственном участии осуществлялась вся деятельность МИР с 1944 по 1960-е гг. В разные годы сотрудничали с Музеем, консультировали, публиковали статьи в музейных изданиях, или были членами Ученого совета Музея такие замечательные ученые как И.Д. Амусин, П.И. Борисковский, Б.Л. Богаевский, С.Н. Валк, А.Х. Горфункель, А.И. Клибанов, И.А. Крывелев, С.Г. Лозинский, С.Я. Лурье, А.О. Маковельский, М.Э. Матье, В.И. Рутенбург, А.В. Предтеченский, В.Я. Пропп, А.Б. Ранович, В.В. Струве, А.П. Окладников, Б.И. Шаревская, В.О. Шаскольский и др.

  С начала 1970-х гг. наметились новые тенденции в деятельности Музея: началась работа над новой экспозицией, оживилась выставочная, собирательская и научно-исследовательская работа. ГМИР стал научно-методическим центром, сотрудники Музея стали ездить с выставками и лекциями по всей стране.

   Сегодня в числе приоритетных направлений деятельности Музея – не только изучение памятников культурного наследия и экспозиционно-выставочная деятельность, но исоздание просветительских и музейно-педагогических программ, актуального музейно-туристического продукта, адресованного разным группам посетителей.

  Музей принимает активное участие в решении социально-культурных проблем Северо-западного региона. Социально-ориентированные проекты разработаны специально для различных адресных групп: детей, молодежи, военнослужащих, представителей разных конфессий и проч.

   Задача наших сотрудников – не обучение основам религии и не навязывание предпочтений. Мы рассказываем об истории и культурных традициях различных народов, учим уважать их религиозные взгляды, воспитываем культуру осознанной толерантности по отношению к представителям разных конфессий и различных этно-религиозных групп.